住宅ローン控除の書類をなくした！再発行の流れと手続き先まとめ【銀行・税務署・法務局別｜2025年版】

よく紛失する書類TOP5（どこで出直せる？）

1. 住宅ローンの年末残高等証明書 … 発行元：金融機関
2. （2年目以降）住宅借入金等特別控除申告書・証明書（年末調整用） … 発行元：税務署（郵送される冊子）
3. 登記事項証明書（家屋） … 発行元：法務局
4. 売買契約書／工事請負契約書の写し … 発行元：売主・施工会社・仲介等
5. 性能・認定関係の証明（長期優良住宅、低炭素、耐震、既存住宅売買瑕疵保険等） … 発行元：自治体・評価機関・保険法人・設計事務所 等

2024年以降は一部ローンで調書方式が広がり、年末調整では残高証明の提出が不要となる場合があります。初年度の確定申告では従来どおり各種書類が求められるため、発行元の案内・会社の年末調整要領を優先してください。

再発行ルート早見表（銀行／税務署／法務局ほか）

手続き先別の詳しいやり方

① 金融機関：年末残高等証明書

• ネット銀行：会員サイトの「各種証明書」「残高証明」メニューでPDFまたは郵送依頼。
• メガ・地銀：コールセンター／店頭で再発行依頼。オンライン申込の用意がある銀行も。
• 複数借入：ローンが複数なら全ての借入先で取得。
• 提出先の違い：年末調整＝会社へ提出（調書方式なら不要のことあり）／確定申告＝申告に添付または保存。

② 税務署：住宅借入金等特別控除の「申告書・証明書」（2年目以降）

• 初年度の確定申告後、税務署から複数年分の冊子が郵送されます。なくしたら所轄税務署に再交付を相談。
• 提出はその年分のページのみ。前年や他年分を誤って出さないよう注意。
• 住所・氏名が変わった場合は最新情報で申請。本人確認書類を持参するとスムーズです。

③ 法務局：登記事項証明書（家屋）

• 家屋の所在地を管轄する法務局窓口で即日交付が可能。
• オンライン請求（郵送受取）も選べます。地番・家屋番号・所有者名義を確認しておくと正確。
• 確定申告で必要なページは家屋の表題部・権利部が中心。指示に従って取得しましょう。

④ 自治体・評価機関・保険法人：各種認定・性能・耐震・保険の証明

• 新築認定：長期優良住宅・低炭素建築物の認定通知書は所管自治体。
• 性能評価：評価機関の住宅性能評価書・適合証明の再発行可否を確認。
• 既存住宅：耐震基準適合証明は発行した評価機関・建築士、既存住宅売買瑕疵保険は保険法人へ。
• 再発行が難しい場合、写しの提出や代替資料で足りるかを事前確認すると安全です。

⑤ 売主・施工会社・仲介・司法書士：契約書の写し等

• 売買契約書・工事請負契約書の写しは、発行元（売主・施工会社・仲介）に再交付を依頼。
• 決済時に関与した司法書士や、金融機関（ローン審査資料）に控えが残っている場合も。

締切に間に合わない時の救済ルート

• 年末調整に間に合わない：その年分は確定申告で適用可能。会社には「確定申告で対応」と伝えましょう。
• 確定申告に間に合わない：還付申告は原則5年以内に可能。見つかった時点で申告すればOK。
• 誤りに気づいた：期限内は訂正申告、期限後は更正の請求や修正申告で是正。

ポイント：「書類待ちで提出が遅れた」場合でも、出せる書類から先にまとめ、足りない分は入手次第すぐ追加対応を。窓口に事情を共有すると案内がスムーズです。

そのまま使える再発行依頼メール（テンプレ）

金融機関（年末残高等証明書）

税務署（住宅借入金等特別控除の申告書・証明書 再交付）

法務局（登記事項証明書）

再発防止チェックリスト（来年は迷わない）

• 「年末調整_2025」などのフォルダをクラウドに作り、PDF・画像を集約
• 金融機関・保険会社・iDeCoのマイページ登録と通知メールをON
• 会社の年末調整締切をカレンダー登録（リマインド2回）
• 住所・氏名変更は先に会社・金融機関・税務署へ一斉連絡
• 連帯債務・共有名義の按分メモを1枚作って毎年流用