初年度の確定申告を済ませたら、2年目以降は会社の年末調整で住宅ローン控除を継続できます。提出物は基本「証明書兼申告書」と「年末残高等証明書」の2点。調書方式の人は残高証明の提出が不要になる場合があります。
年末調整は「給与の支払い者（会社）」がまとめて税額を精算してくれる仕組みで、必要書類を期限までに提出すれば、個人で毎年の確定申告をしなくても控除を継続できるのがメリットです。
社内の締切日は会社ごとに異なります（多くは11〜12月）。迷ったら総務・人事の案内を最優先しましょう。
締切に遅れた場合は、その年分は自分で確定申告すれば適用できます。
年末調整で出すもの：基本はこの「2点」
『その年分の証明書兼申告書』
税務署から郵送される「年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書兼 給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書」です。初年度（確定申告）の内容に基づいて年ごとに発行され、当年用の様式に必要事項を記入して会社へ提出します。
- 複数年分がまとめて届くことがあります。提出年の用紙だけを使いましょう。
- 紛失した場合は税務署で再交付の手続きが可能です。
- 共有名義・連帯債務の場合は、各人がそれぞれ自分の分を用意します。
『住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書』
金融機関から毎年10〜11月ごろに届くローン残高の証明書です。借入先が複数ある場合は全て提出します。ネットバンクなどはダウンロード方式のこともあるので、マイページも確認しましょう。
| 提出物 | 入手先 | タイミング | よくあるミス |
|---|---|---|---|
| 証明書兼申告書 | 税務署（郵送） | 秋〜冬 | 前年分の用紙で提出／記入漏れ |
| 年末残高等証明書 | 金融機関 | 10〜11月 | 別口座分を失念／旧姓・旧住所のまま |
※後述の調書方式の場合、残高証明書の提出は不要になることがあります。
2025年版トピック：調書方式とは？証明書方式との違い
調書方式は、金融機関→税務署へ「年末残高等調書」が提出され、国税当局→あなたに「年末残高情報」が提供される仕組みです。これにより、会社へは残高証明の提出が不要になります（会社は税務当局からの情報で処理）。
- 調書方式：残高証明の提出なし。あなたは証明書兼申告書のみ提出。
- 証明書方式：従来どおり残高証明を添付。金融機関からの郵送・ダウンロード分を会社へ提出。
- 金融機関からの案内（メール・郵送）に「調書方式」の記載がないか確認。
- 前年（初年度）の申告後に届く書類同封の案内文を読む。
- 分からなければ、借入先の住宅ローン窓口に「調書方式対応ですか？」と問い合わせ。
提出手順（会社員向け・標準フロー）
- 10〜11月：金融機関から年末残高等証明書が届く（調書方式なら提出不要のことあり）。
- 11〜12月：税務署から届いている「その年分の証明書兼申告書」に必要事項を記入（住所・氏名変更があれば最新に）。
- 社内締切まで：上記一式（＋扶養・保険料など他の年末調整書類）を会社へ提出。
- 年末〜年明け：会社が年末調整で税額を精算し、翌年1〜2月の給与で還付・追徴が反映。
タイムライン例（入居2年目）：10月＝残高証明到着／11月＝申告書記入・社内回収開始／12月＝社内締切・提出完了。
よくあるつまずき＆回避策
- 証明書の年を取り違える：提出するのはその年分の用紙。前年や別年の用紙を混ぜない。
- 連帯債務・共有名義の按分ミス：持分や年末残高の配分を正しく記入。迷ったら記載例を必ず確認。
- 調書方式なのに残高証明を探し回る：調書方式なら提出不要。まず自分の方式を確認してから書類を準備。
- 会社の締切に間に合わない：その年分は確定申告で適用可能。会社にも状況共有を。
- 住所・氏名の変更：転居・婚姻等があると書類不一致になりがち。最新表記で統一。
- 申告書が届かない：引越し等で未達のことも。税務署で再交付手続きを。
年末調整の対象かどうかの見極め
対象になる人
年末まで同じ会社に在籍し、通常の年末調整の対象者に該当する給与所得者。
年末調整ができない／向かない主なケース
- 年の途中で退職して年末に在籍していない（再就職なし）
- 給与収入が年2,000万円超（年末調整の対象外）
- 2か所以上から主たる給与を受けている 等（副業がある場合などは確定申告で精算）
これらに該当しても、住宅ローン控除自体は確定申告で適用できます。
フォームの書き方ポイント（迷いがちな欄）
- 住宅区分：「ZEH水準」「省エネ基準適合」「認定住宅」などの区分で控除枠が異なります。証明書どおりに正確に。
- 居住用割合：テレワークや副業で一部事業用がある場合は割合に注意（控除額に影響）。
- 居住の用に供した日：引渡日や登記日と異なることがあります。実際に住み始めた日で。
- 連帯債務の記載：各人の負担割合・年末残高を誤記しやすい欄。計算メモを作ってから転記するとミス防止に。
- 調書方式の記載：案内に沿った記入・備考を。不要な添付は省き、提出漏れを減らします。
こんな時は確定申告のほうが良い／必要
- 医療費控除・寄附金控除（ふるさと納税）など、他の控除もまとめて有利に精算したい。
- 年末調整の提出に間に合わなかった／書類に不備が見つかった。
- 年の途中で転職・退職があり、年末調整の対象外になった。
いずれも確定申告で住宅ローン控除を含めて調整可能。初年度と同じく、e-Taxを使うとスムーズです。
まとめ（チェックリスト）
公式リソース（ブックマーク推奨）
- マイホームを持ったとき（住宅ローン控除の全体像）
- 年末調整で住宅借入金等特別控除を受ける方へ（PDF）
- 住宅ローン控除の手続（調書方式の概要）
- 令和7年分 年末調整のしかた（総合手引）
- 連帯債務の記載例（PDF）
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