転職・引越し・共働きでも大丈夫？住宅ローン控除2年目以降の“会社提出トラブル”解決ガイド【2025】

住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）は、初年度は確定申告、2年目以降は会社の年末調整で適用するのが原則です。

しかし、実務では転職・引越し・共働き・会社非対応・書類未着・借換などでつまずく人が続出。

この記事は、よくあるトラブルを原因→対処→再発防止の流れで体系的に解説し、確定申告での巻き返しまで含めて一気通貫でナビゲートします。

まず結論：年末調整でハマっても“控除は消えない”

2年目以降に会社へ提出するのは、基本的に①住宅借入金等特別控除申告書（当年分）と②年末残高等証明書の2点です。社内期限に間に合わない、会社が非対応、書類不備で差戻し…といった場合でも、確定申告で適用可能。焦らず「年末調整でだめなら確定申告へ切り替える」方針で動けば取りこぼしを防げます。全体像は①の基礎編、②のチェックリスト編も参照してください：手順と注意点｜書類チェックリスト

トラブル1：転職して年末調整が間に合わない／在籍先が変わった

原因：年末調整は年末時点の勤務先が行うため、途中入社で社内期限に乗れない、または年末在籍がなくそもそも会社提出ができない状況が発生します。

対処：年末在籍先があれば、その会社へ2枚の書類を提出。締切に間に合わなければ、翌年の確定申告で適用します。年末在籍先がない（年内退職）なら確定申告一択です。

再発防止：転職が決まったら、早期に年末調整の社内期限を確認。書類の準備は10〜11月に前倒しし、旧会社からの書類（源泉徴収票）も早めに依頼。メールひな型は記事末のテンプレを活用。

トラブル2：引越しして税務署からの控除申告書が届かない／紛失した

原因：初年度の確定申告後に、税務署から複数年分の「控除申告書」束が送付されます。住所変更届を失念すると旧住所へ届いたり、保管中に紛失したりします。

対処：所轄税務署へ再発行の相談を。年末調整に間に合わない場合は、確定申告で適用します。

再発防止：引越しが決まったら、住民票異動・税務署への届出・金融機関の住所変更を一気に実行。書類はPDF化し、住宅ローン控除_2025_控除申告書.pdfなど統一命名でクラウド保管。

トラブル3：金融機関の年末残高等証明書が届かない／複数ローンで一部欠け

原因：住所変更漏れ、ネット銀行での電子発行に気づいていない、または借換で発行元が変わった等。

対処：金融機関のコールセンターまたはインターネットバンキングで再発行／PDF取得。複数口ローンは全件分を添付。足りないと年末調整では適用されません。

再発防止：10月になったら「証明書の到着／ダウンロード可否」をチェック。クラウドに2025_氏名_年末残高_銀行名.pdfで保管。

トラブル4：共働き・連帯債務・ペアローンの扱いがわからない

原因：控除は原則、各人が自分の持分・返済分を申告。ところが、片方にまとめて出す、書類の名義が一致していない等のミスが起きがち。

対処：各自で自分名義の証明書＋自分の控除申告書を提出。登記の持分割合と返済負担の整合を確認。詳細は関連記事へ：共働き・連帯債務の賢い申告

再発防止：家族で「自分が出す書類」を事前分担。スプレッドシートで氏名｜持分％｜借入方式｜返済割合％｜年末残高を可視化。

トラブル5：会社が住宅ローン控除の処理に非対応／電子のみ・原本のみなど運用差

原因：企業の年末調整の運用はバラバラ。PDFアップロードのみ、あるいは原本必須など、要求が違います。

対処：社内規程を最優先。非対応と言われても控除は消えません。確定申告で適用できます。

再発防止：毎年9〜10月に総務・人事へ運用確認。「電子提出可否／原本返却の有無／期限」をメモ。PDFは300dpi目安、ファイル名を統一。

トラブル6：年末調整の社内期限に遅れた／差戻しを受けた

原因：社内締切を失念、年分違いの申告書使用、証明書の添付漏れなど。

対処：社内で再提出が不可なら、確定申告で適用します。差戻しの場合は不備箇所を明確化し、修正して再提出。

再発防止：提出前の5分チェック（年分一致・全証明書添付・金額一致・提出方法・控え保存）。チェックリストは本記事末尾に。

トラブル7：借換・繰上げ返済で年末残高が大きく動いた

原因：借換や大幅繰上げ返済がある年は、年末残高が例年と大きく変動。古い証明書や概算で記入すると不一致になります。

対処：必ず最新の年末残高等証明書を使い、その数字を完全転記。借換の事実は年末調整で深掘りされないことがありますが、確定申告では必要書類の確認を求められるケースがあるため、旧新ローンの関係書類を保管。

再発防止：繰上げや借換の実行時点で、年末残高見通しを把握。控除と返済のバランスは設計段階で検討（外れやすい論点は外れやすいケース集）。

トラブル8：育休・時短で所得税額が小さく控除を使い切れない

原因：その年の所得税額が小さいと、控除しきれない分が出ます（制度上、住民税への控除枠が設定される年度もありますが、年度要件に依存）。

対処：各自で控除を分け合うことはできません。各人が自分の分を適用します。制度の住民税控除枠の有無は当年の公的情報で確認。

再発防止：共働きの配分設計は購入時に。将来のキャリア・育休を見越した持分割合・返済割合を検討。

トラブル9：「入居日」「年分」の取り違え

原因：入居日は実際に住み始めた日。決済日・鍵渡し日とは異なることがあり、初年度の確定申告や2年目以降の記載年分に連鎖的なズレが出ます。

対処：控除申告書は当年分のみを使用。入居日の記録（住民票・ライフライン開始日等）を根拠として保管。

再発防止：年表（タイムライン）を作成し、契約→決済→入居→確定申告→年末調整の順で管理。家族共有のメモに残す。

トラブル10：社内での書類の行方不明・返却不可

原因：原本提出が必要な会社で、返却不可だったり、保管中に所在不明になるケース。

対処：提出前に必ずスマホ撮影／PDF化。返却可否は事前確認。万一紛失なら、金融機関への再発行依頼や、確定申告での対応を検討。

再発防止：提出控え（PDF）をクラウドで年別フォルダに保存。ファイル名ルール例：住宅ローン控除_2025_控除申告書.pdf／2025_氏名_年末残高_◯◯銀行.pdf

年末調整→確定申告への“巻き返し”ルート

年末調整で適用できなかった場合、確定申告で挽回できます（e-Tax推奨）。必要な準備は以下。

• 控除申告書（当年分）。紛失時は税務署で相談。
• 年末残高等証明書（借入先ごと）。PDFでも可のケースあり。
• 初年度ではないため、通常は売買契約書・登記事項証明の再提出は不要（ただし個別要件や年度運用により異なるため最新案内を確認）。
• e-Taxのマイナンバーカード方式、またはID・パスワード方式の準備。

ステップの詳細は初年度ガイドも流用できます：確定申告ガイド

提出前5分チェック（保存用）

• □ 控除申告書は当年分（2025）のみ切り離し
• □ 年末残高等証明書は最新年分（前年ではない）
• □ 複数ローンの証明書は全件そろった
• □ 連帯債務／ペアローンは各自名義の書類で提出
• □ 記入金額は証明書と完全一致（端数含む）
• □ 社内の提出方法（紙／システム）・期限を確認
• □ 提出前にスマホ撮影／PDF化で控え保存

FAQ（よくある質問）

Q. 会社から「うちは住宅ローン控除は扱わない」と言われました。
A. 控除自体は消えません。確定申告で適用可能です。

Q. 夫婦どちらが出せば得ですか？
A. そもそも片方へ合算は不可。各自が自分の分を提出します。所得税額の大小により体感差は出ますが、制度上の移し替えはできません。

Q. 借換したら初年度扱いになりますか？
A. 一般に控除の継続は可能です。年末残高等証明書の数字を正確に転記。旧新ローンの関係書類は保管。

Q. 期限に間に合わず年末調整で適用されませんでした。
A. 確定申告で適用できます。e-Taxの準備を進めましょう。

Q. PDFで提出していい？
A. 会社の運用に依存します。総務・人事の指示を優先してください。

関連リンク（内部導線）

• 2年目以降は確定申告不要？年末調整の手順と注意点
• “会社へ2枚提出”の書類チェックリスト
• 共働き・連帯債務・ペアローンの賢い申告
• （救済）確定申告の手順ガイド
• 外れやすいケース総まとめ

まとめ：年末調整で詰まっても“確定申告”で回収できる

2年目以降の住宅ローン控除は、会社へ2枚提出ができれば最短最楽。しかし、現場では転職・引越し・共働き・借換・提出遅れ・会社非対応などの“現実問題”が起きます。大事なのは、年分一致・数字一致・名義一致・期限厳守の4原則と、確定申告での巻き返しを躊躇しない姿勢。この記事のチェックリストとテンプレを使いながら、落ち着いて進めれば控除を取りこぼすことはありません。